本发明保护一种汽车起动保护方法及系统，所述方法是在发动机起动过程中，当检测到单次起动时间超时，控制起动机停止起动；当检测到发动机连续多次起动，发动机连续多次起动的时间之和超过时间池阈值时，控制起动机停止起动，进入起动保护，在起动时间池的值恢复至设定值后，才允许发动机进行下一次的起动。本发明可以有效解决紧急情况下单次起动超时带来的用户抱怨以及解决低温环境下进入起动保护后起动恢复策略不合理的问题，降低起动机短时间频繁起动导致起动机性能衰减和烧蚀，防止维修误判，提升起动机可靠性。