本发明属于益生菌技术领域，具体涉及一种用于减肥减脂的益生菌组合物及其制备方法和应用。本发明提供的用于减肥减脂的益生菌组合物，包括如下组分及其重量份数：复合益生菌粉10~30份，植物活性成分15~25份，辅助保护剂8~16份，填充剂20~30份，甜味剂1~6份。本发明提供的益生菌组合物，科学合理的将复合益生菌粉与植物活性成分进行配合使用，能够有效减少体内脂肪的生成，同时可以增加益生菌种类和数量、抑制有害菌生长，从而达到对肠道菌群的选择性调节作用，提高益生菌组合物的稳定性和减肥效果，减肥效果显著且适宜人群广泛。