本发明提供了一种载玻片清洗流水线，属于流水生产线技术领域。它解决了现有技术效率低等问题。控制装置用于控制分离装置、送料装置、清洗装置、烘干装置及装盒装置工作，分离装置包括分料装置及设置在分料装置上的推送装置，分料装置用于供人将载玻片分开形成分离状态的载玻片，送料装置包括位移机构及置料架，位移机构用于驱动置料架移动并依次经过清洗装置、烘干装置及装盒装置，推送装置用于将分离状态的载玻片推送至置料架上，清洗装置用于对置料架上的载玻片进行清洗，烘干装置用于对置料架上的载玻片进行烘干并消毒，装盒装置用于将置料架上的载玻片取下并装盒。本发明具有能够批量清洗处理载玻片等优点。