本发明公开了一种磁分离装置及其分离方法，包括分离容器、第一磁体、第二磁体、铁轭、导磁铁棒和第三磁体，所述铁轭的下端呈中部开口状，且所述分离容器处于铁轭的下端开口处之间，所述第一磁体安装在铁轭下端开口处左侧上，所述第二磁体安装在铁轭下端开口处右侧上，所述第一磁体和第二磁体之间电性连接有第二电源。本发明中，既保证了粒子在磁场的作用下发生团聚，又可以使粒子在运动时带动周围流体发生较强的对流；由于有局部梯度较高磁场的存在，解决了在低梯度磁场中永磁体磁场强度有限，获得的磁速度较低的问题；又因为有梯度差的存在，可以在分离容器的上下表面形成梯度差，可以促使对流作用的发生，加速捕获过程。