本发明涉及河道修复技术领域，具体涉及一种河道微生态重建原位修复方法，包括外源污染控制模块、高负荷污染治理模块、高有机污染治理模块以及低负荷污染治理模块，所述外源污染控制模块包括汇入渠口过滤处理和高峰雨水汇入处理，所述汇入渠口过滤处理为：在汇入渠口处设置过滤装置对汇入水流进行泥沙或淤泥过滤处理，所述高峰雨水汇入处理为：设置可渗透河岸、可渗透驳岸、以及河岸蓄水池，河岸蓄水池的水可渗透流过可渗透河岸的底部，并继续渗透流经可渗透驳岸汇入河道。相对比现有的治理污染源单一的河道净化方法，本发明的河道微生态重建原位修复方法可以针对河道多种污染源进行针对性的净化处理，从而达到有效循环治理净化河道的目的。