本发明涉及环氧乙烷灭菌器技术领域，公开了一种穿透式环氧乙烷灭菌器，包括灭菌器主体、输气管和排气管，所述灭菌器主体内部的底侧设置有承载台，所述承载台设置有内腔，所述承载台的顶部设置有出气结构，所述输气管的一端贯穿灭菌器主体和承载台与承载台的内腔连通。本发明通过设置的承载台和伸缩管道装置，在使用时，可以将待灭菌的物品置于承载台上，然后通过伸缩管道装置将物品限制在承载台和伸缩管道装置之间，然后环氧乙烷灭菌气体从输气管进入承载台内，穿透物品从伸缩管道装置排出，相较于现有技术，本申请减少了灭菌的空间，同时以穿透的方式灭菌，有效提高了现有技术的灭菌效果以及灭菌效率。