本发明克服口腔种植中红外光传播式导航系统的缺陷，提供一种结构简单、体积小、成本较低的用于口腔种植牙领域的动态导航系统及使用方法。所述系统包括锆珠、口腔CBCT、种植手机、第一自识别码、第二自识别码、摄像头、计算机，锆珠用于与颌骨相对固定并作为口腔CBCT的标记点，第一自识别码刚性固定在种植手机上用于标记种植手机前端的钻针位置，第二自识别码用于固定在口腔内标记种植位点，摄像头拍摄第一自识别码和第二自识别码拍摄并将拍摄到的图像发送到计算机，计算机将摄像机拍摄到的图像和口腔CBCT结合得到钻针和种植位点的相对位置。第一自识别码和第二自识别码分别标记钻针位置和种植位点位置并显示在口腔CBCT上，可用于辅助口腔种植牙操作。