本发明公开了一种免客户引导程序的单片机程序升级方法及系统，其方法包括步骤：在MCU运行过程中，接收升级指令后，接收预设的ISP跳转指令；根据ISP跳转指令跳转到原厂ISP程序，选取原厂ISP程序中若干个预设的Flash烧录接口作为开放式ISP烧录接口，开放式ISP烧录接口与若干个预设的Flash功能模块一一对应，用于向对应的Flash功能模块中烧录数据；通过开放式ISP烧录接口接收升级指令对应的程序升级数据，并将程序升级数据烧录至单片机，通过原厂ISP程序执行程序升级。本发明可以实现在不改变芯片硬件架构的情况下大幅提高程序烧录过程的稳定性和安全性，无需客户自主开发在线烧录引导程序，平衡单片机芯片产品的用户体验和生产成本及扩大用户程序空间。