本发明实施例提供一种样本分析系统及样本运送方法，所述方法包括：所述控制系统控制所述进样机构将装载平台上当前排序第一的在先样本架载入传送组件的进给轨道上的一个样本架运送位，控制所述传送组件带动所述在先样本架同步运动以执行样本扫描和样本分配；所述控制系统对所述传送组件的当前状态进行实时检测，确定所述传送组件处于空闲状态时，判断所述装载平台上当前是否包括下一样本架；若是，所述控制系统控制所述进样机构将所述下一样本架载入所述进给轨道上的下一个样本架运送位；若否，所述传送组件等待工作指令，并返回所述控制系统对所述传送组件是否处于空闲状态进行实时检测的步骤。