本发明提供一种生物磁性纳米复合材料、及其制备方法和应用，所述制备方法包括步骤：S1，将四氧化三铁颗粒分散于水溶液中，得到四氧化三铁的水溶液，随后向所述四氧化三铁的水溶液中加入亚铁盐溶液，得到还原混合液；向所述还原混合液中滴加硼氢化物溶液，以进行还原反应，得到所述纳米零价铁‑四氧化三铁双纳米材料，整个过程在氮气保护下完成；S2，利用聚乙烯亚胺包埋步骤S1中所得的纳米零价铁‑四氧化三铁双纳米材料，得到所述生物磁性纳米复合材料。本发明所得生物磁性纳米复合材料可以用于修复酸性含砷废水，其能够快速高效的修复酸性含砷废水。