本发明公开了一种利用地热能辅助加热的气藏原位转化制氢方法，涉及天然气制氢技术领域。该方法包括以下步骤：从储层中采出含甲烷气；钻至少一口连通地热层的井，并对地热层进行造穴，所述地热层为干热岩；向地热层中注入氧化钙和水蒸气进行预热，使得预热后的地热层的温度满足甲烷和水蒸气反应制氢；向地热层中注入氧化钙、含甲烷气以及水蒸气并焖井以生成氢气和一氧化碳；继续向地热层中注入水蒸气并焖井，以生成氢气和二氧化碳；开井并得到采出气，将采出气进行分离以得到氢气，并将剩余的气体注入储层中。本发明的方法，将甲烷制氢以及地热能的充分利用进行结合，降低了甲烷制氢过程中的能量消耗，还实现了甲烷制氢过程的二氧化碳零排放。