本发明公开了一种稻麦轮作区秸秆处理的方法，涉及秸秆还田技术领域。该方法针对鲁南稻麦轮作区，通过在水稻插秧前提高小麦秸秆的粉碎程度，并通过增施尿素和秸秆腐熟剂混合抛撒，可以对还田的小麦秸秆进行快速腐解；在秧苗返苗后及时脱水露田，可以及时排出腐解秸秆时所产生的二氧化硫、硫化氢等有害气体，减少对水稻的根系的损害；降低孕穗期氮肥用量，避免水稻生长中后期氮肥过多导致群体过大及贪青晚熟产量下降等问题，提高了稻米的品质。该方法能够有效解决在稻麦轮作区由于秸秆还田而产生的水稻容易出现僵苗、黑根等问题。