本发明涉及藻类生物养殖的技术领域，特别涉及一种藻类生物养殖系统及养殖方法，包括养殖箱、底座、刮除机构以及送料机构，本发明设计的刮除机构中，环形板上移通过环形刮板可以对养殖箱外侧壁上附着的小球藻进行刮除处理，小球藻刮除后环形板下移通过喷头与擦拭海绵对养殖箱外壁进行二次清洁处理，从而提高养殖箱的透明度，保证养殖人员能够清晰地观测养殖箱内部小球藻的生长情况；在送料机构中，转动电机带动转动轴转动，转动轴上周向均匀分布的连接架通过与送料圆管相互配合可以对小球藻内部周向均匀泵入空气，保证养殖箱内部上下泵入的空气分布均匀，提高小球藻的生长情况。