本发明公开了一种DNA条形码及鉴别楠属和润楠属中多种木材的方法，包括基于质体基因组序列rps16‑psbI、psbE‑petG、rps8‑rpl16、rpl23‑ycf2、ndhF‑ccsA和ycf1中的任意2种以上或全部组合形成的DNA条形码；以及如下步骤：S100、将木材样品在低温环境中研磨，以制得木粉样品；S200、提取木粉样品中的DNA样品；S300、以DNA样品为模板，使用PCR扩增质体基因组序列中的ycf1、rps16‑psbI和rps8‑rpl16条形码序列，以得到扩增产物；S400、对扩增产物进行测序，得到ycf1、rps16‑psbI和rps8‑rpl16序列，组合，以制得ycf1+rps16‑psbI+rps8‑rpl16组合条形码；S500、采用ycf1+rps16‑psbI+rps8‑rpl16组合条形码，并基于TaxonDNA法和系统发育进化树法来鉴别楠属和润楠属中的多种木材。发明的DNA条形码，具有更丰富的序列信息位点，进而提高物种鉴别能力；且此方法识别准确度高，取样量少，适用于高值木制品微损鉴定。