本发明涉及一种用于非结核分枝杆菌菌种鉴定的微流控检测系统，该检测系统利用微流控芯片进行检测，所述微流控芯片包括芯片本体，所述芯片本体设有加样孔、主流道、微流道、反应孔；所述反应孔包括阳性质控孔、阳性对照孔和至少一个检测孔；所述加样孔与所述主流道连通；每个反应孔分别通过所述微流道与所述主流道连通；每个所述检测孔中，含有一种非结核分枝杆菌的特异性检测引物组。通过该微流控监测系统，可以在等温条件下对十余种非结核分枝杆菌菌种同时进行特异性检测，具有特异性好、灵敏度高、操作简单、检测迅速等优点，具有良好的临床应用前景。