本发明属于医药制备技术领域，具体涉及一种水果多酚、益生菌组合物及其制备方法和用途。其包括：水果多酚和益生菌，按质量百分比计算，所述水果多酚和益生菌的质量百分比为20.2‑11200：3。本发明通过简单的、基于高脂高糖饮食肥胖模型小鼠优化水果多酚及益生菌降血糖、降血脂、减肥功能活性成分的分离工艺。将水果多酚组分与具有降血糖、降血脂、减肥功能功效的益生菌进行优化组合用于降血糖、降血脂、减肥有非常显著的活性，且无副作用。