本发明提出一种益生菌菌株的驯化方法、益生菌菌株、扶微乳及其制备方法，涉及微生物技术领域。该驯化方法将长双歧杆菌、乳酸杆菌和肠球菌接种入驯化培养基中进行营养驯化，然后再依次进行耐温适应驯化和耐酸碱度适应驯化后得到益生菌菌株。益生菌以此经过营养驯化、耐温适应驯化以及耐酸碱度适应驯化后，在微生态调节剂扶微乳的制作过程中存活率高，并且能够适应运输和保存环境，从而使得益生菌制品具有较高的活性或较好的效果。另外，以上述方法驯化获得的益生菌菌株能够适应靶向环境，且活性较佳，因此，以驯化的益生菌菌株制备的微生态调节剂扶微乳，可调整肠胃微环境，并对顽固性腹泻、便秘、失眠、高血压以及消化不良等病症的治疗效果较好。