本发明公开了一种适用于特长隧道交通兼顾效率安全的智能管控方法及系统，涉及隧道交通管控技术领域。具体步骤包括如下：实时获取隧道内的交通运行数据和路面状况数据；根据所述交通运行数据和路面状况数据利用神经网络模型进行异常状态评估；根据不同的异常状态评估结果实施对应的管控措施，并依据所述异常状态评估结果进行分等级预警。本发明可以及时而准确地制定多种管控措施相联合进行隧道交通管控，降低事故风险，管理者能根据不同的异常状态评估结果针对性的实施对应的管控措施，以便及时有效地对运行风险进行处理，减小事故发生的概率，提高隧道运行的效率。