本发明提供一种电动天窗系统，其包括滑轨和滑动安装在滑轨上的活动扇，活动扇闭合处设置有多重的防水结构，滑轨上设置有传动组件和配重组件，传动组件包括链条套、一个转动安装在链条套内的换向齿轮、一个同轴转动的固定连接到驱动电机的动力输出端的换向齿轮、啮合在两个换向齿轮上且镶嵌到链条套中的闭合传动链、与传动链条固定连接的传动板、以及为传动板承重和提供导向的导向轮，配重组件连接到传动板并抵消活动扇的重量，通过链条传动并配合尼龙制造的链条套，达到静音、稳定和降低损坏几率的目的，同时结合传动板、导向轮和配重组件，能适应超大重量的大面积玻璃，本发明提供的天窗具有静音、手自一体、适应大重量玻璃和防水性好的优点。