一种企业经济效率与能耗的计算比较方法，包括如下步骤，采集企业的经济产值数据、能耗数据和行业属性；对采集的数据进行预处理；按照时间加权的形式计算企业近三年的均值，获取每个企业按月份的三年加权平均经济产出数据和能耗数据；根据企业的行业属性进行分组；根据企业经济数据进行聚类分组；根据企业能耗数据进行聚类分组，对二次聚类分组内的企业，计算企业评价能效指标，包括组内企业经济能耗效能比指标、分组经济能耗效能比指标、组内企业经济能耗效能比分级和分组经济能耗效能比分级。本发明可以科学的比较不同行业、不同区域、不同发展阶段企业能耗效率，将不可比较的数据变成可比的指标，从而指导企业优化能源结构，提高能源转化率。