本发明公开了一种菌菇类提取物的制备方法，该方法包括以下步骤：S1、将菌菇类子实体原料、第一复合酶和溶剂混合后，依次进行微波辅助酶提取和微波灭酶，制得提取液；S2、将步骤S1制得的提取液和第二复合酶混合后酶解，制得酶解液；S3、将步骤S2制得的酶解液采用大孔树脂柱层析后，得β‑葡聚糖提取物；将所述柱层析后的大孔树脂洗脱后制得菌菇类核苷提取物；所述第一复合酶包括纤维素酶、木聚糖酶和木瓜蛋白酶；所述第二复合酶包括α‑淀粉酶和转化酶。本发明不仅能制备高含量的水溶性β‑葡聚糖提取物，且其α‑葡聚糖含量极低(≤1％)，还综合利用了菌菇类核苷类有效成分。