本发明提供了一种单据核验信息处理方法及系统，其中，所述方法包括：获得企业单据集合和企业客户集合；按照企业客户集合对企业单据集合进行分类，获得各客户单据集合；进行客户历史成交信息分析，获得客户成交效率分析结果和客户成交效益分析结果；进行单据质量评估，获得第一评估结果；获取待核验单据信息和核验规则；获得待核验单据风险性系数；基于待核验单据风险性系数和核验规则进行单据核验，获得单据核验结果；对单据核验结果标记、加密处理和存储。解决了对单据核验信息处理时忽略业务场景中的客户因素，缺乏对不同客户的风险性评价，对于高风险单据识别能力弱，单据核验效率以及核验结果处理效率不高的技术问题。