本发明涉及一种混合荷电纳滤膜及其制备方法和应用，所述混合荷电纳滤膜包括多孔支撑膜和负载于所述多孔支撑膜上的活性分离层；所述活性分离层包括经后处理改性的水相反应物和油相反应物的界面聚合产物；所述后处理改性包括含有至少两个胺基官能团的聚合物的碱溶液浸泡和交联反应；所述活性分离层在同一水平线上具有正电荷域和负电荷域交替分布。本发明所述混合荷电纳滤膜具有横向表面电荷分布和均一孔径分布，提高了小分子有机物和无机盐的分离效率，具有优异的抗污染性能，同时制备方法简单易控，重现性较好。