本发明公开了一种处理含大量乙酸铵的废水的方法。所述方法将厌氧污泥接种至可自动监测并调控氨氮的厌氧序批式生物反应器中，并添加人工合成废水，得到泥水混合液，并以每10mL泥水混合液添加150～155mg氯化铵的比例，向其中添加氯化铵，运行反应器实现厌氧污泥的驯化，驯化结束后离心去除上清液，将驯化后的厌氧污泥接种至待处理的含大量乙酸铵的废水中。本发明利用可自动检测体系内氨氮浓度的厌氧序批式反应装置，结合链延长技术，同时利用废水中较高的氨氮浓度，选择性地抑制了反应体系内的产甲烷菌，减少了产甲烷菌与链延长菌的底物竞争，进一步提高了链延长效率，将废水中的乙酸转化为更高级的中链羧酸。