本发明公开了一种发根农杆菌介导的获得转基因除虫菊毛状根的方法，属于植物组织培养技术领域，其技术方案要点是，步骤如下：S1、切下除虫菊组培苗叶片，用菌液侵染叶片；S2、滤出叶片，接种于MS基本培养基中，暗培养2天；S3、将叶片移至固体培养基Ⅰ中培养20天，形成叶片根；S4、将叶片根的根尖切下，放置在固体培养基Ⅱ上，根尖朝上，培养7天，获毛状根；S5、选取不具向地性的毛状根，将毛状根的根尖切下放置在固体培养基Ⅲ上，培养20天，获抗性根；S6、选取抗性根，切成多段水平放置在固体培养基Ⅳ上，然后进行继代培养。本发明主要用于获得转基因除虫菊毛状根，建立了高效迅速的除虫菊毛状根转化体系，能够为除虫菊的科研及育种工作提供有效技术支撑。