本发明属于镜图像处理技术领域，提供内镜图像处理方法、系统、存储介质及设备。为了解决低质量图像占用数据库存储容量，给图像审核人员带来了工作负担的问题，内镜图像处理方法包括在接收采图指令之后，存储当前内镜图像为第一识别帧，连续获取若干张与第一识别帧相似度超过第一预设阈值的内镜图像；对获取的内镜图像进行模糊过滤处理；基于预设图像质量评价模型对过滤处理后的内镜图像进行评分，选取评分质量最高的内镜图像作为第二识别帧；基于预设图像质量评价模型比较第一识别帧与第二识别帧的评分质量，仅保留两者中的质量最佳者作为当前采图指令所采集的内镜图像并进行存储。其能够采图数量减少后也减轻了图像审核人员的工作负担。