本发明公开了一种杯装机及其对杯装食品的灭菌方法，包括支撑架的顶部设置有安装结构以及设有控制器的进液管，进液管的底部固定安装有加热桶，加热桶顶部的一侧设置有用于检测温度的温度传感器。该杯装机及其对杯装食品的灭菌方法，通过加热桶、控制器和进液管的设置，可以将液体装进杯子内，盛有液体的储存箱通过管道进行连接，将加热桶底部的安装板使用连接螺栓安装在支撑架的上方，并且对控制器进行操作，控制液体的流动，然后通过温度传感器的设置，可以将加热桶内的液体的温度测量并传到在控制器上，可根据不同液体，对控制器进行操控，对温度进行调节控制，方便该装置对不同液体进行高温杀菌。