本申请涉及一种水利工程垂直止水结构及其施工方法，其包括有用于铺设在堤坝垂直面上的防护板，所述防护板上设置有内部中空的飘浮座，所述飘浮座可飘浮在水面；所述防护板上设置有滑道，所述飘浮座沿竖直方向滑动设置在滑道内；所述飘浮座顶部设置有立杆，所述防护板上设置有位于滑道顶部的支撑板，所述支撑板上贯通有供立杆插入的插孔，所述支撑板上沿竖直方向滑动设置有第一防护座，所述插孔与第一防护座正对。本申请具有降低了行人发生落水的概率，预防持续上升的水位对堤坝上的行人带来的威胁，大大增强了堤坝的安全性的效果。