本发明公开了一种应用于圩区的农业面源污染防控方法，属于农业污染处理技术领域，具体方法包括：步骤一：获取农田分布图，根据获取的农田分布图构建农田水渠分布图；步骤二：识别自然水体的位置，并绘制在农田水渠分布图中，设置厌氧塘、兼性塘、好氧塘和蓄水塘之间的有效容积；步骤三：确定厌氧塘、兼性塘、好氧塘和蓄水塘的位置，并绘制在农田水渠分布图中；步骤四：在蓄水塘靠近自然水体的一侧设置溢流坝，溢流坝和自然水体之间挖设有水沟；步骤五：在蓄水塘内设置检测模块和水泵，根据检测模块的检测结果控制水泵的运行，检测结果包括检测合格和检测不合格。