本发明提供了一种无人机和无人船协同的水面漂浮垃圾清除装备及运行方法，它包括无人机和无人船；所述无人机对目标水域建图，并对水面垃圾进行识别，地面工作站将垃圾坐标信息传送给各艘无人船，无人船对自己负责水域进行全局路径规划到达垃圾点，通过机械臂对垃圾拾取；还包括控制系统，所述控制系统分为三层：管理层、通讯层、控制执行层；管理层为地面工作站，用于无人机整体结构和无人船整体结构的控制，可视化，运行状态；通讯层主要通过WIFI数传，传送无人机无人船的运行状态给地面工作站；控制层主要是获取环境数据，接收管理层控制指令。