本发明揭示了一种体内电子设备充电电路、充电装置及胶囊内窥镜充电系统，体内电子设备包括蓄电池，以及分别连接蓄电池的正极触点和负极触点，体内电子设备充电电路包括供电电路、切换电路和极性控制电路；供电电路通过切换电路连接蓄电池，切换电路包括第一支路和第二支路，第一支路包括采样电阻，极性控制电路连接采样电阻，且根据采样电信号和预设的参考电信号的比较结果，控制切换电路可选地由第一支路切换至第二支路，使供电电路的正极输出端和负极输出端分别与正极触点和负极触点连接。本发明的体内电子设备充电电路，提升了可操作性和便利性，能够适应于体内电子设备或其他需要在导电液体内工作的电子设备，防止充电功能失效，避免事故。