本发明属于农业果蔬分选设备技术领域，公开了一种果蔬分选线自动装箱方法及装置，所述果蔬分选线自动装箱装置设置有上层装箱机械手；上层装箱机械手设置在自动装箱装置上层，自动装箱装置上层还设置有辅料机械手和辅料库；本发明实现了软壳水果的批量自动装箱，避免水果装箱过程中碰伤划伤；本发明所使用的吸盘是根据果形进行设计定制，使用符合果形的吸盘形状和风琴式缓冲结构，以实现对软壳水果的柔性吸取和搬送；本发明实现了水果的无人自动装箱，装箱速度快，节拍均匀确定；本发明可以对软壳水果进行自动装箱，装箱整齐，且可以自动放置辅料，防止各层水果相互接触，提高水果包装质量。