本申请涉及一种集装箱自动装箱系统及方法，其系统包括：堆放小车及集装箱；所述堆放小车包括机体、对接模块、送料模块、码料模块及控制模块，所述对接模块，用于将所述堆放小车与所述集装箱进行对接；所述送料模块，用于采集所述集装箱的基本参数；所述控制模块，用于基于所述基本参数和预设的码料花型构建码料模型，并基于所述码料模型生成送料控制指令和码料控制指令；所述送料模块，还用于基于所述送料控制指令将待码放的料垛运输进所述集装箱内；所述码料模块，用于接收所述送料模块运输的料垛，并基于所述码料控制指令执行码料操作。本申请具有减少人工操作流程，节省了人力资源和时间，从而提高了集装箱装箱效率的效果。