本申请公开一种集装箱检测系统，其包括设置于车道入口的第一卡口、设置于车道出口的第二卡口、设置车道的一侧的安全岛上的两个检测装置、以及设置于车道的另一侧的安全岛上且分别于两个检测装置正对设置的两个对射装置；两个检测装置间隔设置于安全岛上且两个检测装置之间的间距大于车载的集装箱的长度，每一检测装置包括可旋转的主体、位于主体上的多个第一对射传感器、与主体连接的可摆动的摆臂、位于摆臂上且与摆臂往复滑动连接的伸缩臂以及位于伸缩臂上的可摆动且用于对集装箱内部进行检测的三维激光扫描仪。本申请还提供一种基于该集装箱检测系统的集装箱检测方法。