本发明公开了一种设施化辅助稻渔综合种养系统及养殖方法，该系统包括稻田养殖区和设施养殖区，设施养殖区设置有入水口和出水口，入水口通过入水管顺次连接有水质净化组件和抽水泵，抽水泵通过抽水管与稻田养殖区连通；出水口连接有出水管的一端，出水管的另一端连通稻田养殖区；通过入水管、水质净化组件、抽水泵、抽水管、出水管使稻田养殖区和设施养殖区水体循环使用。设施养殖区和稻田养殖区水体循环使用，设施养殖区以提高鱼类产量为主，残渣剩饵为稻田养殖区的鱼类提供饵料，鱼类排泄物为水稻生长提供养分；稻田种养殖区以种植水稻为主，养殖少量杂食性和虑食性鱼类，净化设施养殖区排放的尾水，净化的水继续用于设施养殖，水循环使用。