本发明公开一种链霉菌抗生素相关调控基因筛选方法。通过评估全局调控基因敲除之后与出发菌株在抗生素合成上的差异，然后利用多组学分析和筛选上调下调异常明显的基因，再将筛选得到的基因克隆至高表达载体pSN7上，在链霉菌体内高表达，使用HPLC检测抗生素的产量，记录产量上升明显的菌株，对相应的基因进行修饰位点的突变，随后重复高表达，产量检测，筛选后可获得高产菌株。本发明区别于通过实验仅仅限于合成基因簇钓取蛋白的方法，可在更广的范围内筛选有利于抗生素产量提升的基因，并多组学为这些基因的突变提供了方向。可在任意药用微生物中进行检测筛选，适用性广泛，具有较大的延伸性，可根据不同程度的变化用各类敲除菌株作对比。