本发明公开了一种应用于现场可编程逻辑门阵列的程序防盗方法，包括以下步骤：上电初始化；读取非易失性存储器中预设的唯一特征值数据以及预设的密文数据；于所述唯一特征值数据和所述密文数据中择一执行预设处理动作以获取对应的比较数据；将所述比较数据与所述唯一特征值数据和所述密文数据中未执行所述预设处理动作的数据进行比较以生成对应的比较结果；在比较结果符合预设条件的情况下，继续进行后续应用程序的运行。该方法使用了非易失性存储器的唯一特征值数据作为密文，即使盗取了应用程序也无法使用，若后期维护时现场可编程逻辑门阵列芯片出现故障更换芯片即可。既增强了数据安全性，防止程序被盗取使用，又降低了维护成本。