本发明提供一种毛细管电泳检测装置，包括传感器外套筒，传感器外套筒的一端与电路板固定塞连接，传感器外套筒的另一端与光纤固定塞连接；传感器外套筒的内部设有绝缘橡胶垫、电路板、SiPM传感器、毛细管固定棒，且绝缘橡胶垫、电路板、SiPM传感器、毛细管固定棒在电路板固定塞和光纤固定塞之间依次设置；毛细管固定棒朝向SiPM传感器的一面设有凹槽，且凹槽与SiPM传感器对应设置，凹槽内设有毛细管，光纤固定塞上设有第一通孔，毛细管固定棒的内部设有第二通孔，第一通孔与第二通孔连通；光纤依次穿过第一通孔和第二通孔，并与毛细管对应设置。本发明能够在保证检测准确性的前提下，降低成本，且减小装置体积。