本实用新型公开了一种毛细管电泳仪，其中，包括壳体单元，壳体单元内部形成容置腔室，容置腔室中设置有支架单元，支架单元上设置有卡夹单元，壳体单元上对应卡夹单元的位置处设置有卡夹门，卡夹单元可通过卡夹门进行更换，卡夹单元中设置有毛细管组件，支架单元上对应毛细管组件的阴极端的位置处设置有上样单元，壳体单元上对应上样单元的位置处设置有上样门，上样单元可通过上样门进行样本的更换。本实用新型的毛细管电泳系统将卡夹单元、上样单元、光学检测单元等部件集成在一起，自动化程度高，能够满足对检测设备日益小型化、集成化、便捷化的需求。