本公开涉及一种燃料电池系统故障处理方法及装置。所述方法包括：获取所述燃料电池系统的运行参数和车辆的当前行驶状态；若燃料电池系统发生故障，则根据运行参数、故障和预定的模糊控制规则，确定所述故障的原因；根据所述故障的原因和所述当前行驶状态，判断所述故障是否为可延迟处理故障；若判定所述故障为所述可延迟处理故障，则对所述故障进行延迟处理。这样，不需要在燃料电池系统故障后，工作人员在维修地点重新启动车辆，逐一检测各种运行参数来筛查故障原因，节省了人力，实时性较好。并且，能够避免燃料电池系统在车辆行进过程中因发生故障突然停机而造成的事故，提高了驾驶的安全性。