本发明提供了一种用于燃料电池的氢气杂质净化装置，属于燃料电池技术领域，解决了现有PSA技术工序较多、设备复杂、占用面积大导致使用受限的问题。该装置包括固态电化学反应器和控制器。其中，固态电化学反应器进一步包括阳极扩散电极层、用于传输氧离子的电解质层、阴极扩散电极层和参比电极。阳极扩散电极层的两侧分别设有待提纯氢气入口、提纯后氢气出口；阴极扩散电极层与空气接触，其与阳极扩散电极层之间通过电解质层隔离；参比电极设于电解质层内；控制器，用于启动后控制固态电化学反应器的阳极扩散电极层的电位为杂质的氧化还原电位，使得杂质发生氧化还原反应转换成对燃料电池无影响或影响较小的其他成分物质。