本发明涉及一种燃料电池发电系统多堆模组配气系统，包括支架、空气配气箱、燃气配气箱、空气排气箱、燃气排气箱以及多个气流通道，每个气流通道分别与空气配气箱、燃气配气箱、空气排气箱以及燃气排气箱，且每个气流通道的出气量相等。本申请提供的上述方案，空气配气箱将空气输送到对应的气流通道中，燃气配气箱将燃气输送到对应的气流通道中，气流通道再将对应的空气和燃气输送到电堆中，由于每个气流通道的出气量相等，即每个气流通道输送到对应的电堆中的空气量和燃气量均相等，从而可以保证在一定燃料、空气供应量的情况下，均匀分配多个电堆所需的燃料与空气，使其保障在有效范围内，保证电堆平稳运行。