本发明提出一种基于空时自适应抗干扰算法的信号处理方法和系统。方法包括：获取多元天线阵输出的用于导航定位的射频信号，利用模拟下变频模块的多通道射频前端对射频信号进行下变频处理，从而得到模拟中频信号，并将模拟中频信号发送至自适应抗干扰处理器；自适应抗干扰处理器对接收到的模拟中频信号进行模数转换以获取数字中频信号，基于数字中频信号和本地载波正交两路信号来生成无失真基带信号，并进一步估计无失真基带信号的复共轭对称的协方差矩阵；自适应抗干扰处理器基于复共轭对称的协方差矩阵求解用于过滤干扰噪声的最优权重系数，将最优权重系数与无失真基带信号的实部做内积运算，以获取经干扰抑制的输出信号。