本发明提供一种基于多目标混合整数规划模型的复杂网络链路预测方法，包括以下步骤：S1：对存在缺失链接的复杂网络进行采样，获得正样本节点对和负样本节点对；S2：基于现有的单体链路预测器，计算每个样本节点对之间存在连边的可能性；S3：计算每对单体链路预测器之间的差异；S4：建立多目标混合整数规划模型；S5：求解多目标混合整数规划模型，获得最优解；S6：基于多目标混合整数规划模型的最优解进行缺失链路的预测。相比于单体链路预测器，本发明提高了链路预测的准确性。此外，本方法具有很好的可解释性，可以直观地解释模型参数选择的决策依据，以及链路生成机制的分解结果。