本发明公开了一种内窥镜多焦点图像融合方法，属于图像数据处理技术领域，包括：图像采集步骤，分别在不同焦距下采集图像，得到多幅原始图像；特征点提取步骤，分别提取各原始图像的特征点；特征匹配步骤，得到原始图像两两之间的匹配点对；确定参考图像步骤，查找参考图像；图像纠正步骤，将所有原始图像纠正到参考图像的平面，得到若干幅纠正图像；匀光匀色处理步骤，得到匀光匀色后的纠正图像；图像融合步骤，将匀光匀色后的纠正图像进行融合处理，得到融合图像。本发明的内窥镜多焦点图像融合方法，通过对采集的多张不同对焦距离图像的融合，得到一张包含所有采集图像清晰位置的图像，方便用户观察。