本发明公开了一种具有抗耐药菌活性的含噁二唑‑吡啶季铵盐侧链的截短侧耳素衍生物及其制备方法与应用，属于药物化学技术领域。本发明通过三步反应，简洁高效地制得含噁二唑‑吡啶季铵盐侧链的截短侧耳素衍生物，并且反应原料廉价易得，反应条件温和，产物收率较高，适合工业化生产。对耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌以及大肠杆菌等革兰氏阴性菌的体外抗菌实验表明，本发明合成的截短侧耳素衍生物具有较强的抗菌活性。对HepG2、HEK293和A549细胞的体外细胞毒性实验表明，本发明合成的截短侧耳素衍生物具有较高的安全性，此外，本发明所合成的化合物具有显著改善的溶解性。因此，在制备临床抗感染治疗药物方面具有很好的应用前景。