本申请提供了一种水体叶绿素a的重构方法及装置，涉及遥感影像处理技术领域，具体为：获取目标水体的遥感影像；对所述目标水体的遥感影像进行去云处理；计算去云处理后的目标水体的遥感影像的每个像元的多个特征因子，所述多个特征因子至少包括：预设波段的瑞利校正反射率、预设数量的波段比值、海洋水色指数和预设波段的空间差异值；利用预先训练完成的叶绿素重构模型对每个像元的多个特征因子进行处理，得到每个像元的叶绿素a值。相对于现有技术本申请在非云缺失区上具有较高的叶绿素重构精度。