本发明公开了一种鉴频鉴相控制系统及方法，控制单元接收主站发出的控制信息，并对控制信息进行解析，得到控制信息的帧头和频率信息，根据通讯协议或标准确定频率信息的起始位置；控制单元从确定的起始位置开始检测频率信息，判断上升沿或者下降沿是否到来，是则打开模拟开关A；通过控制单元对模拟开关A和模拟开关B进行开关控制，在鉴频鉴相器稳定状态下进行输出，同时，在滤波器、电压跟随器的共同作用下，对本地时钟实现了精准、快速地调整控制，大大缩短本地时钟锁定参考频率的时间，工作效率得到提高，有效解决了有技术中主站和从站在半双工通讯条件下难以实现从站与主站进行频率和相位同步问题的技术问题。