本发明属于材料分析领域，具体涉及了一种复杂成分样品含轻元素矿物的定量识别方法、系统和设备，旨在解决现有扫描电镜矿物成分分析方法对含轻元素矿物误测的问题。本发明包括：对样品进行背散射图像和同视域X射线能谱采集；根据X射线能谱获得初分类矿物成分和面积占比数据；将无法利用X射线能谱区分、在元素种类上仅相差轻元素的矿物统一标记为系列A，获得初分类矿物分布图像；将初分类矿物分布图像叠加在背散射电子信号图上，根据灰度差别提取含轻元素和不含轻元素矿物分布图像；计算各矿物面积占比，进而获得各矿物重量占比和分布。本发明能够利用扫描电镜矿物分析技术对复杂成份样品中含轻元素矿物的面分布和含量进行精确定量表征。