本发明公开了一种基于水平和垂直物流设备的调度系统及其调度方法，该调度系统包括：多层水平物流设备单元，各层水平物流设备单元均包括至少一台水平物流设备，所述水平物流设备用于在水平方向上运送物料容器；若干台垂直物流设备，用于在竖直方向上运送物料容器；调度模块，用于提取作业信息，其中，所述作业信息包括作业类型、作业的起始位置、目标位置；该调度模块还用于分解作业的起始位置和作业的目标位置，调度水平物流设备和/或垂直物流设备工作。本发明通过调度作业优化分解可提高作业效率，实现水平和垂直物流设备高效率、智能化运转，还可实现对调度作业的可视化管理和便捷化运维，方便调度监控和故障排查。